USS Enterprise este trimis pentru a observa planeta Nibiru, dar găsește un vulcan pe punctul de a erupe și de ștergere a liniilor de locuitori primitive. În procesul de lansare a unei misiuni periculoase pentru a opri eruptie, viața primul ofițer Spock este pusă în pericol, forțând Kirk a sparge "Prima Directivă" și dezvăluie Enterprise a civilizației de pe planetă să-l salveze. Ca urmare, un număr de oameni indigene încep să se închine pe navă, lasă. După ce a fost chemat înapoi pe Pământ, Kirk este exonerat de comandă, și amiralul Pike reassumes comanda lui Enterprise. La scurt timp după aceea, Flotei agent John Harrison bombe un secret "secțiunea 31" de instalare în Londra. O reuniune de urgență a ofițerilor de rang înalt este numit la sediul Flotei, care Kirk participă în calitate de prim ofițer Pike. Reuniunea este atacat de o navă de război pilotat de Harrison. Kirk ia nava de luptă în jos, dar scapă Harrison și Pike moare. După înmormântarea lui Pike, amiralul Marcus (Weller) autorizează Kirk pentru a vâna Harrison, care a fugit la klingonian planeta de Qo'noS. Deoarece Qo'noS se află adânc în teritoriul klingonian și Flota este la un pas de război cu Imperiul Klingonian, Enterprise este livrat cu 72 prototip cu rază lungă de torpile fotonice, și este dispus să tragă-le pe toate la locația lui Harrison dată el este găsit. Crezând torpilele ar putea fi periculoase pentru nave, inginer șef Montgomery Scott refuză să le ia la bord și a prezentat demisia sa atunci când a ordonat să le accepte. Fiica amiralului, om de stiinta Carol Marcus se alătură, de asemenea, echipajul, sub o identitate falsă, și Pavel Chekov este promovat inginer-șef.
