USS Enterprise a fost trimisă pe planeta Nibiru pentru a observa o civilizaţie primitivă. Căpitanul James T. Kirk trece peste ordinele primite de la superiori atunci când viaţa lui Spock este pusă în pericol şi expune nava în timpul salvării acestuia. Chemat înapoi pe pământ, Kirk este degradat şi înlocuit cu predecesorul său, Amiralul Christopher Pike. Cei doi participă la o întâlnire de urgenţă în care se discută despre bombardarea unei baze secrete Section 31 din Londra efectuată de fostul agent John Harrison. Întâlnirea este întreruptă de Harrison care pilotează o navă armată ce trage asupra lor, iar Pike este ucis. Kirk reuşeste să distrugă nava, însă Harrison scapă. Cu Pike mort, Kirk este reinstalat în funcţia de căpitan al Enterprise. Când află că Harrison s-a refugiat pe planeta Klingonienilor, Kronos, Kirk primeşte permisiunea de la Amiralul Alexander Marcus de-al vâna pe acesta. Echipajul de pe Enterprise primeşte 72 de torpile cu rază lungă şi au ordin să le lanseze către baza lui Harrison de îndată ce este descoperită. Totuşi, Scotty, Spock, Bones şi Uhura îl conving pe Kirk că e mai bine să-l captureze pe Harrison decât să-l ucidă.
